मथुरा में भगवान श्रीकृष्ण के प्रपौत्र वज्रनाभ द्वारा तैयार कराए मंदिर में विशेष महत्व रखने वाले कुएं आज भी मौजूद हैं। औरंगजेब व अन्य मुस्लिम आक्रांताओं ने श्रीकृष्ण के मंदिरों को बार-बार तोड़ा, लेकिन वह कुओं को नष्ट नहीं कर सके। यह तीन कुएं आज भी श्रीकृष्ण जन्मस्थान परिसर में मौजूद हैं और इतिहास का आइना बने हैं। इसी परिसर पर मौजूद ईदगाह को हटाने के लिए विभिन्न पक्षकारों ने अदालत में दावे किए हैं और इस स्थान पर मंदिर के होने के साक्ष्य जुटा रहे हैं। भगवान श्रीकृष्ण के प्रपौत्र वज्रनाभ ने जन्मस्थान पर मंदिर व कुओं का भी निर्माण कराया। हूण, कुषाण हमलों में मंदिर ध्वस्त होने के बाद गुप्तकाल में सम्राट विक्रमादित्य ने सनातन हिंदुओं के लिए वृहद मंदिर बनवाया। जिसे महमूद गजनबी ने वर्ष 1017 ईसवी में क्षतिग्रस्त किया। जाजन उर्फ जज्ज सिंह द्वारा वर्ष 1150 ईस्वी में बनवाए मंदिर को मुस्लिम आक्रांता सिकंदर लोधी ने 16वीं सदी में क्षतिग्रस्त कर दिया। जिसे ओरछा के बुंदेला राजा वीर सिंह जूदेव ने 1618 में बनवाया। इसे औरंगजेब ने 1669 में क्षतिग्रस्त कर दिया। मंदिरों की इमारत बार-बार नष्ट होती रही, लेकिन जो कुएं बने थे, वह जस के तस रहे और आज भी मंदिर परिसर में मौजूद हैं। मौजूद हैं तीन कुएं श्रीकृष्ण जन्मस्थान परिसर में एक कुआं गर्भगृह और ईदगाह के एक दम नजदीक उत्तर दिशा में है। वर्तमान में इस पर पुलिस पीएसी तैनात रहती है। आम श्रद्धालु इसे नहीं देख सकते हैं। दूसरा कुआं गिरिराजजी के पास गर्भगृह पश्चिम की तरफ है, जहां पर दर्शनार्थी दर्शन करते हैं। जबकि तीसरा कुआं गर्भगृह के दक्षिण दिशा में है, इसे जन्मस्थान प्रशासन ने चहारदीवारी लगाकर ढक दिया है। कुएं से चलता था फव्वारा ओरछा राजा वीर सिंह बुंदेला द्वारा बनवाए गए मंदिर में एक कुएं की जानकारी मिलती है, जिसमें बुर्ज के नीचे कुआं बना था और कुएं से पानी की सतह से लगभग 60 फुट ऊंचा उठाकर फव्वारा चलाया जाता था। इसका जिक्र 1650 ईसवी में फांस के यात्री टैवर्नियर के अलावा अन्य लेखकों ने मंदिर के बारे में लिखी गई बातों में भी किया है।